• 1. Burguesía y absolutismo
• 2. Primacía de lo político
• 3. Política del poder y equilibrio europeo

A. El cambio de soberano

B. Monarca, Estado, Nación

• A. Las grandes transformaciones de mediados de siglo
• B. La sombra de Felipe II
• 1. La desconfianza y el rigor con los altos magistrados
• 2. La ordenación racionalista y la acción ilustrada
• 3. El estrujamiento de los contribuyentes
• 4. La depuración espiritual
• C. Fíjase la personalidad de la colonia
• 1. ¡Bendita y maldita sea la plata!
• 2. La invasión material más benéfica: los ganados
• 3.La inconmovible y modesta agricultura. El imperio del maíz y del maguey
• 4. Dos manantiales de la riqueza canalizados hacia la metrópoli
• 5. La infinita frontera abierta del norte. Las dos Nuevas Españas
• 6. La merma de la población indígena y la heterogeneidad étnica
• 7. La sociedad racista y clasista
• 8. La victoria del trabajo forzoso
• 9. El asedio de la propiedad comunal y el latifundismo
• 10. Mayor patriarcalismo y descentralización que en la metrópoli
• 11. Una religión que no cala. La retracción de la Iglesia
• 12. Una cultura refleja. El despuntar de la personalidad

• a. Nacimiento, origen
• b. Estudios
• c. El ambiente médico de Hernández
• d. Los primeros años del ejercicio médico

• a. La estancia en Guadalupe
• b. Retorno a Toledo
• c. Andanzas cortesanas

• a. Las razones del viaje y la satisfacción del deseo de aventura
• b. La salida de España
• c. El viaje y las estancias en Canarias y Santo Domingo

• a. La llegada, la toma de posesión, la ciudad
• b. Las relaciones. Amigos y enemigos
• c. El cuerpo médico
• d. El elemento indígena
• e. Fracaso de su función oficial
• f. Trabajo y dificultades
• g. El incidente de las varas y el pleito con el rey
• h. El memorial

• Introducción
• a. Exploración de la zona central
• b. Viaje al Mar Austral y exploración de Oaxaca
• c. Viaje a Michoacán
• d. Viaje al Pánuco

• a. Revisión de materiales y labor hospitalaria
• b. El envío de los libros
• c. El permiso de retorno y los últimos trabajos de México
• d. El cocoliztle
• e. El retorno
• f. El cosmógrafo y sus problemas

• a. Madrid, el rey y la corte
• b. El Memorial, el poema y los "enemigos que arrojan ponzoña"
• c. Los amigos, el testamento y el príncipe heredero
• d. La obra
• e. Desaparición y muerte

• a. El padre Acosta, las finanzas y los médicos mexicanos
• b. La edición "romana"
• c. El padre Nieremberg y la Compañía Holandesa de las Indias
• d. El Tesoro de Hernández, Juan Ray y los naturalistas del siglo XVII
• e. El incendio de El Escorial
• f. Los otros trabajos

• a. Difusión europea
• b. Hernández y España en el siglo XVIII
• c. El hallazgo de los originales. Azara, Sessé y los intelectuales mexicanos
• d. La edición "matritense"

• Hernández en el siglo XIX y en la actualidad

A. Lugares citados en la Historia Natural

• I. Originales de Francisco Hernández editados
• II. Trabajos de Francisco Hernández editados después de arreglados, compendiados o parcialmente incluidos en obras de otros autores
• III. Manuscritos inéditos conocidos
• IV. Manuscritos inéditos y perdidos, pero vistos y anotados por otros autores
• V. Manuscritos inéditos ignorados y desconocidos, de los cuales se tiene noticia por las propias referencias de Hernández
• Obras consultadas